信号转导Network

信号转导Network描述

利用最新KEGG数据库,提取mRNA-mRNA之间的作用关系,绘制mRNA-mRNA信号传递情况,提示差异基因之间存在的直接/间接的相互作用关系,从而寻找差异基因之间的信号传递情况,辅助挑选核心基因。

前置分析条件

客户关注的mRNA需在KEGG中有对应数据。

客户可选择参数

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:每个mRNA的Degree,每个mRNA对应的KEGG,每个mRNA相互作用的具体关系(激活,抑制等)

Demo结果

Demo结果解读

结果中显示了差异的mRNA之间的信号调控情况,红色为上调的差异基因,蓝色为下调的差异基因。

miRNA-mRNA Network
miRNA-mRNA Network描述

根据miRNA与mRNA的关系,结合miRNA,mRNA的表达数据,构建miRNA-mRNA之间的Network,寻找可能的核心基因。

客户可选参数

■ miRNA靶基因预测数据库:利用合适的算法进行靶基因预测。
■ 是否结合表达数据:是/否

分析结果

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式,三个数据库预测结果Venn图;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:miRNA靶基因预测结果。

Demo结果解读

Demo结果解读

结果中显示了miRNA与mRNA之间的关系,图上红色表示上调,绿色表示下调,图上miRNA点与周边的联系越多,说明该miRNA可能结合的靶基因越多;图上mRNA点与周边的联系越多,说明该mRNA可能受到较多的miRNA调控。

mRNA/miRNA-KEGG Network
mRNA/miRNA-KEGG Network描述

利用合适的算法预测miRNA靶基因,并对靶基因进行KEGG富集分析,利用基因的KEGG富集分析结果,分析客户感兴趣的KEGG与其对应的基因之间的Network,从中寻找出一些参与了多个KEGG的基因,为挑选候选基因提供辅助参考。

前置分析条件

需要提供miRNA芯片/测序以及mRNA芯片/测序结果,并需要指定感兴趣的通路信息。物种限定植物和动物。其他物种需要额外提供靶基因预测结果。

客户可选择参数

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:每个mRNA/KEGG的Degree,每个mRNA对应的KEGG。
Demo结果

?Network图3

Demo结果解读

结果中显示差异mRNA与Pathway的关系,图中橙色方框代表Pathway,圆点代表mRNA(绿色为表达下调mRNA,红色为表达上调mRNA),节点大小与其周围的连线多少成正比。Pathway节点面积越大表明参与其中的差异mRNA越多,对生物学现象贡献较大。

KEGG Pathway-Pathway Network
KEGG Pathway-Pathway Network描述

根据富集分析的结果,分析KEGG Pathway之间的相互作用关系,发现上游信号通路。

前置分析条件

已经对差异基因进行富集分析。

客户可选择参数

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:Pathway degree, 每个Pathway之间具体的相互作用关系。

Demo结果

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Demo结果解读

上图展示了各个显著富集的Pathway之间的信号调控关系,根据信流的方向,锁定一些上游的Pathway进行研究。