甲基化测序服务

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。

已显示DNA的甲基化状态(特别是碱基胞嘧啶的甲基化状态)影响基因的表达。例如,在哺乳动物细胞中,转录起始位点(TSS)周围较高水平的甲基CpG与转录沉默相关,尽管揭示了基因组其他区域中更复杂的模式。下一代测序的兴起使得从仅研究少数基因或小区域的甲基化模式转变为真正的全基因组研究的转变,这导致了对甲基化组的更丰富的观点。

有多种方法可用于监测基因组的甲基化状态,它们通常可以分为两类:它们要么依赖于亚硫酸氢盐转化,要么采用甲基化DNA富集或下拉形式。DNA的亚硫酸氢盐处理将所有未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶(其被读作胸腺嘧啶),而5′-甲基 – 胞嘧啶保持不变。目前,通过全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)产生最完整的甲基化组图。不幸的是,它也是最昂贵的,约为标准全基因组测序成本的1.5倍。为了降低成本和增加样品通量,已经开发了几种方法,其仅限于基因组的一部分测序。一个这样的例子是“减少代表性亚硫酸氢盐测序”(RRBS),其使用限制酶和大小选择来降低基因组的总体复杂性,同时富集CpG岛(高CpG密度的区域)。然而,应该注意的是,这种富集引入了一些关于哪些CpG位点最终被测序的偏差。

降低成本和增加甲基化测序通量的另一种策略是在测序步骤之前选择甲基化DNA。一种常用方法是“甲基化-DNA免疫沉淀”(MeDIP-Seq)。与ChIP-Seq类似,MeDIP-Seq通过用针对5′-甲基胞嘧啶产生的抗体免疫沉淀甲基化DNA来进行。洗去未甲基化的DNA,使材料高度富集甲基化DNA。特定序列的存在或不存在给出了基因组区域中甲基化水平的估计。称为“甲基CpG免疫沉淀”(MCIp)的类似方法使用甲基-CpG结合结构域(MBD)蛋白来分离基因组的甲基化区域。

南博屹生物甲基化测序优势:

  • 完全转化(> 99.9%)并最大限度地回收亚硫酸氢盐转化的DNA
  • 最小的选择偏差,允许少量的输入材料高产量的构建的DNA文库,以及低错误率
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