环状RNA (circRNA)的编码功能可提供新的研究思路,你知道吗?

关于circRNA,科研汪们都不陌生,而关于circRNA我们知道最多的则是其在转录和基因表达调控方面起着举足轻重的作用,而今年国自然科学基金获批的与circRNA有关的项目也达到了164项,所以,不蹭国自然的热点怎么行。

之前我们已经写过两篇文章来介绍关于circRNA的研究思路,这里我们放上链接,感兴趣的同学可以自行打开阅读或留言:

5分文章有多难?circRNA表示无压力

听说你对circRNA感兴趣?不妨进来看看?

而近几年,越来越多的研究发现circRNA还具有编码功能,那今天我们就来介绍第三种circRNA的研究思路,即具有编码功能的circRNA的研究思路是怎样开展。

今天介绍的这篇文章发表在《JNCI-Journal of the National Cancer Institute》(JNCI-J NATL CANCER I)期刊上,影响因子11.238,此期刊的旧名字为《J NATL CANCER I》,目前被最新的JCR期刊引证报告收录。

我们来看该文章的内容:

1. 首先作者对来自临床胶质母细胞瘤组织及其配对相邻正常组织的核糖体总RNA进行RNA-seq分析,建立一个circRNA谱数据库,筛选出在癌症组织和正常组织中差异表达的基因,最后确定由FBXW7(RPKM=9.31)基因的外显子3和外显子4环化形成的_circ_022705作为研究人员的研究对象;

2. 采用PCR和Sanger测序技术对筛选出的目标circRNA进行鉴定;

3. 接下来作者分析了circ-FBXW7中假定的开放阅读框,对circ-FBXW7的编码能力做一个评价,证明circ-FBXW7可翻译蛋白质。

4. 对circ-FBXW7编码的蛋白质进行细胞功能验证:作者构建了线性FBXW7-FLAG载体来建立稳定高表达U251和U373细胞的FBXW7-185aa,之后检测细胞周期和细胞增殖,结果表明,FBXW7-185aa可以引起细胞周期阻滞,减少胶质瘤细胞的增殖。

5. 之后作者对circ-FBXW7翻译蛋白质的分子机制进行了探讨:有证据阐明FBXW7-185aa与USP28和“释放”FBXW7α竞争性相互作用来降解c-Myc;

6. 最后为了讨论circ-FBXW7和FBXW-185aa的临床意义,作者又检测了肿瘤患者体内的癌变组织和癌旁正常组织中的FBXW7-185aa和circ-FBXW7表达。

文章的研究思路大致就是这样,现在我们总结一下:作者首先运用生信分析的方法筛选出感兴趣的circRNA,然后对此circRNA进行鉴定,之后对其编码能力做鉴定,证明其可翻译成蛋白质,证明完后,作者又对其翻译的蛋白质进行了生物学功能验证,之后对它作用的分子机制进行探讨,最后进行体内实验,检测临床标本来说明临床意义。

科研汪们有没有get到这个新思路呢,目前关于circRNA研究的主流方向是之前我们介绍过的两种思路,而在该方向的研究报道还较少,正因为比较新颖,所以会不会对你们有什么启发呢?

或者大家有什么别的想法,欢迎在评论区留言,我们一起来探讨~

参考文献(图片来自文献):

Yang Y, Gao X, Zhang M, et al. Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis.[J]. Journal of the National Cancer Institute, 2018, 110(3).

• END •

Posted in 技术文章.

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注