免费在线生信小助手  有了它,做蛋白互作网络PPI分析更容易

细胞内的蛋白之间的相互作用关系能方便我们了解蛋白如何在细胞中以协调方式运作。PPI对单个蛋白功能至关重要,它能形成各种细胞通路,也参与疾病的发生发展。PPI数据直接用于识别蛋白多聚复合体和预测蛋白功能,也可用于药物设计。
到底是什么工具可以帮我们做PPI分析?

https://string-db.org/

String数据库是一个在线搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间互作关系的数据库。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还利用了生物信息学方法预测的结果。

String数据库可以做什么样的研究呢?
可参阅这篇去年印度的科研团队在《Bioinformation》在线发表的文章“Protein-Protein interaction network analyses of human WNT proteins involved in neural development”,看摘要,就能知道他们也曾利用过String数据库挖掘WNT3a, WNT5a  WNT7b各种数据信息,并分析这三种蛋白如何参与到人类神经细胞发育的。

https://doi.org/10.6026/97320630015307

接下来小编将给大家简要介绍String数据库如何使用。

我们可以通过蛋白名称、蛋白序列、蛋白家族等方式进行搜索。下面以“人源BAI3蛋白”为例:
首先在这里输入bai3”,再点击“搜寻”。

页面跳转后,你会看到不同来源的bai3,有人类、鼠类。这里要搜寻“人源bai3蛋白”,于是小编这样选择。

页面就出现了一个网状结构图,这代表着bai3蛋白同时与CQ1L3ELMO1等蛋白具有相互作用关系。图中每个节点代表一个蛋白,在默认情况下节点的颜色分为红色和白色,红色代表你要查询的蛋白,白色代表与查询蛋白具有互作关系的其他蛋白。然而String会根据与蛋白互作关系的分值对颜色进行映射。而不同颜色的线代表着蛋白与蛋白之间是如何相互作用的,如融合在一起、相邻靠在一起、共表达等。

“Legend”页面,可以看到每个蛋白的颜色和其对应的分值,以及每个蛋白的功能。示意图如下:


还可直接点击圆圈节点,就能看到蛋白的具体信息,如下图:

点击圆圈之间的线,就能知道两种蛋白之间的互作关系。如下图:

“Export”页面,你可以导出相互作用网络的图片,支持PNGSVG格式,也可导出对应的相互作用的表格和蛋白序列、注释等信息,如下图:

若你想了解同行有没有做过跟bai3有关的研究,你还可点击这个,进一步阅读。

如你有多个感兴趣的目标蛋白,想查看它们之间的互作关系,可以在搜索界面选择多个蛋白进行搜索。

需要注意的是,如果我们输入的是单个蛋白质名称,数据库将会输出与该蛋白质互作的所有蛋白质的互作图;但如果我们一次输入多个蛋白质名称或者序列,数据库将只输出蛋白质之间的互作网络图。

今天就介绍到这里,希望能帮大家用生信方法做SCI论文。

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