【Magic-BLAST】二代RNA测序比对工具新鲜出炉

Magic-BLAST version 1.5.0 is here~

软件包的下载地址:

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST/

若你曾经有个想法,想具体地重新绘制出一幅更大的全基因组RNA或DNA序列图,以往都要用blast解决,而现在你可以用magic-blast工具实现了。

小编今天介绍这篇于2019年7月发表在BMC Bioinformatics的文章。

Magic-BLAST工具通用性非常强大,运行也很快。它可将要读取的片段与BLAST数据库或一个FASTA文件排列在一排。可接受FASTQ文件作为输入,或者自动从NCBI的SRA存储库中检索。

那你知道Magic-BLAST算法怎样做的吗?来看看这流程图……

给你看一个例子就明白了。

使用方法:

1. 构建数据库

1 makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata

-inà 参考序列

-dbtypeà 数据类型:核苷酸和蛋白质可选

-parse_seqidsà 暂时还没搞懂这个参数的意思

-outà 数据库的名称

2. 比对序列

# 默认输入文件为fasta格式# 单个fasta文件magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata# 两个fasta文件magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata# 如果输入文件为fastq格式magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq# 双端数据magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata –infmt fastq

3. 可变剪切

By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets.

4. 多线性参数

magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10

参考文献:

Grzegorz M. Boratyn, Jean Thierry-Mieg, Danielle Thierry-Mieg, Ben Busby and Thomas L. Madden. Magic-BLAST, an accurate RNA-seq aligner
for long and short reads. BMC Bioinformatics (2019) 20:405

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