【内分泌】利用临床样本发18分生信SCI文章

今天小编在写论文同时看到这篇近期发表在Cell Research杂志的文章(IF=17.8),同样不需做传统实验,也能照样发高分SCI。大家也一起来分析分析这篇文章到底有啥奥妙之处。

本文作者为了全面描述胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性和PDAC发生发展的潜在机制,于是采用了单细胞RNA-seq(scRNA-seq)获得来自原发性PDAC肿瘤和非胰腺肿瘤组织的57,530个个体胰腺细胞的转录组图谱,并鉴定了PDAC中的多种恶性和基质细胞类型,包括分别具有异常和恶性基因表达谱的两种导管亚型。

作者发现了异源恶性亚型由几个具有不同增殖和迁移潜能的亚群组成。细胞轨迹分析显示多个肿瘤相关途径和转录因子的组分随着PDAC发生发展而具有差异性表达。此外,我们发现具有增殖特征的导管细胞子集与肿瘤浸润性T细胞中的失活状态相关,这有助发现新型标记分子预测抗肿瘤免疫反应。总之,作者的研究结果是为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源,从而揭示肿瘤内在转录状态与T细胞活化之间的联系,有利进一步开发抗癌治疗(如靶向治疗和免疫治疗)的潜在生物标志物。

胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见的胰腺癌类型,具有高的肿瘤内异质性,也有不良预后效果。

这是作者文章的研究思路。先从医院里获取手术切除的24例PDAC和11例非肿瘤的胰腺样本。然后组织细胞分离并培养,做细胞类型、亚型鉴定。再构建cDNA库及RNA测序,最后进行生信分析。

这就是作者通过t-SNE鉴定出的细胞类型,这样做出来就一目了然,知道每种细胞属于哪个类型的。

这热图显示了作者鉴定的每个细胞类型中特定标记分子的表达水平图谱

对特异表达的1型和2型导管细胞进行GO annotation

免疫组化法在正常的非肿瘤组织以及PDAC肿瘤组织上的定性定位鉴定。

本文作者用了很多种方法去验证PDAC中的多种恶性和基质细胞类型,小编在此就不一一列举出来了。总而言之,做一篇研究论文最关键是看文章是否有科技创新,研究方法关键看是否有研究深度。若你的课题担心做得不够深入,你还可以生信数据分析辅助你分析研究结果,例如KEGG、GO、共表达分析、GSEA、转录组分析、蛋白质组分析……这样一篇文章写下来,就非常有趣了,想发表高分SCI就得心应手。还有,更重要一点是因为我们公司有一支专业的生信分析团队为你服务。

胰腺小百科
胰是一个狭长的腺体,横置于腹后壁1~2腰椎体平面,质地柔软,呈灰红色。胰可分胰头,胰颈,胰体,胰尾。

胰腺分为外分泌腺和内分泌腺两部分。外分泌腺由腺泡和腺管组成,腺泡分泌胰液,腺管是胰液排出的通道。内分泌腺由大小不同的细胞团──胰岛所组成,胰岛细胞分泌胰岛素和高血糖素调节血糖水平。

为啥有些人会患胰腺相关的肿瘤呢?高危人群都是指哪些?

手术切除的胰腺癌样本

胰腺癌的病因尚不十分清楚。其发生与吸烟、饮酒、高脂肪和高蛋白饮食、过量饮用咖啡、环境污染及遗传因素有关;近年来的调查报告发现糖尿病人群中胰腺癌的发病率明显高于普通人群;也有人注意到慢性胰腺炎病人与胰腺癌的发病存在一定关系,发现慢性胰腺炎病人发生胰腺癌的比例明显增高;另外还有许多因素与此病的发生有一定关系,如职业、环境、地理等。

明天中秋节,大家跟亲朋好友相聚时记得要少喝酒,少摄取高脂高蛋白食物,注意饮食哦!

参考文献:

Erickson LA. Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. Mayo Clin Proc. 2017 Sep;92(9):1461-1462.

Junya Peng, Bao-Fa Sun, Chuan-Yuan Chen, et al. Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma. Cell Research 2019; 0: 1-14.

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