利用circRNA轻松发表五分论文

前不久我们分析过几篇软文,文中内容大多是关于非编码miRNA如何与蛋白组学结合在一起研究,那近年来的科研热点非编码RNA(ncRNA)中除了miRNA,还包括rRNA、tRNA、lncRNA和circRNA等多种未知功能的RNA,今天我们就来介绍关于circRNA研究如何发表文章。

参考资料:

标题:Silencing of circRNA.2837 Plays a Protective Role in Sciatic Nerve Injury by Sponging the miR-34Family via Regulating Neuronal Autophagy

期刊:Molecular Therapy-Nucleic Acids(Mol Ther-Nucleic Acids )

IF:5.660

见刊时间:2018年7月25日

 

首先我们来了解一下circRNA:circRNA是一类特殊的参与转录和转录后基因表达调控的非编码RNA,多为一个以上的外显子通过反向剪接形成的环状RNA分子,与多种人类疾病相关,是继microRNA(miRNA)之后RNA家族中冉冉升起的一颗新星,也是当前RNA领域最新的研究热点。

注:图片引自Memczak et al. 2013, Nature, 495, 333-338. 显示RNA经过反向剪接(上游外显子的5’端和下游外显子的3’端连接)方式形成环状RNA。

 

现在我们一起来分析文章思路:

1、作者首先对坐骨神经损伤小鼠和正常小鼠进行组织取样,利用高通量RNA测序技术对其总RNA进行测序,发现了7222种不同的候选circRNA,其中有4942个circRNA含有至少两个独特的反向拼接读数,再进一步计算每个circRNA的SRPBM,描述circRNA的基因位点分布。

2、在这些circRNA的基础上进行进一步的生信分析,发现与正常组织相比,在受伤的坐骨神经组织中,circRNAs明显表达不同。然后对宿主基因进行本体富集分析,研究不同表达的circRNA的潜在功能,筛选出30条KEGG通路在图中列出。


3、从RNA-seq结果中筛选出10个差异上调和10个差异下调的circRNA进一步验证,进行qRT-PCR分析。

4、作者把注意力放在下调水平最高的circRNA2837上,建立一个OGD模型(离体脑缺血模型),发现在OGD治疗6小时后,脊髓神经元中circRNA2837的表达水平下调,在大鼠坐骨神经损伤组织中也观察到了具有双重膜结构的大量自噬体,表明脊髓神经元和坐骨神经在损伤条件下诱导自噬;

之后作者合成siRNA抑制circRNA2837的表达,采用Western blot方法检测circRNA2837的表达,又设置了circRNA2837基因敲除实验,结果表明在损伤条件下circRNA2837负调控原代脊髓神经元的自噬。

5、研究人员又建立大鼠坐骨神经损伤模型,在慢病毒坐骨神经中敲除circRNA2837基因,采用qRT-PCR方法检测,用Western blot方法检测circRNA2837的表达水平,又做了坐骨神经组织的免疫荧光染色实验;

 

之后又进行了组织学实验,收集手术侧腓肠肌进行HE染色,结果表明circRNA2837的下调可通过体内诱导自噬而减轻坐骨神经损伤。

6、最后作者对circRNA2837调控的靶基因进行了验证,采用荧光素酶荧光素酶报告基因方法进行检测,用qRT-PCR和Western blot法检测LC3-II和p62蛋白的表达水平,结果表明,通过靶向miR-34a,circRNA2837基因沉默可诱导原发性脊髓神经元的自噬作用。


现在我们来总结一下作者的研究思路:作者首先运用高通量测序技术筛选出目标circRNA2837,之后建立动物模型来验证circRNA2837对脊髓神经元诱导自噬的调控,又设计了circRNA2837敲除实验和组织学实验进行验证,最后对其靶基因进行验证。

 

套路是一样的套路,但是为什么能发5到6分呢?

当然是热点啊!前面说过,circRNA相比lncRNA和miRNA来说,是ncRNA领域中炙手可热的最新热点,再加上一些高端技术的辅助,如高通量测序技术、SEM(扫描电子显微镜)技术等,虽然套路相似,但是课题很新,所以高分文章依然不是问题!

 

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