还在为生信分析发愁?这个软件一jian搞定

Funrich是一个独立的软件工具,主要用于基因和蛋白质的功能丰富和相互作用网络分析。此外,分析结果可以以Venn,Bar,Column,Pie和Donut图表的形式进行图形化描述。

目前,Funrich工具被设计用来处理各种基因/蛋白质数据集。用户不仅可以对默认的后台数据库进行搜索,还可以加载定制的数据库,对其进行功能丰富分析。

总的来说,Funrich工具拥有三个不同的数据库选项,可以对其进行分析。在Funrich中,为用户提供了三个管理后端数据库的选项:

  • 提供了一个仅供人使用的数据库,网站的手稿和常见问题部分都清楚地提供了组装细节;
  • 用户可以从uniprot自动下载任何有机体的数据库;
  • 用户可以构建自己的数据库,并直接使用Funrich进行丰富分析。因此,Funrich允许进行完整的数据库定制,从而允许将该工具用作丰富分析的框架,而不管所使用的数据库是什么。

Funrich数据库选项目前支持的丰富分析:生物过程、细胞成分、分子函数、蛋白质结构域、表达位点(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)、生物途径、转录因子、临床概要表型术语。

下面就给大家简单举几个例子~

首先打开首页是这样的:

附图一张(不懂的自己研究):

随便拿几组数据进行veen 图绘制。点击veen后,点击Add dataset,在input 对话框中粘贴数据,然后点击apply。重复操作即可。

点击Veen,软件即可对几组结果进行比较。

左上角edit color,可以对圆圈颜色进行更改。save veen,可以对分析结果进行保存。

如果你要分析基因的富集分析,点击Gene enrichment,按照上述方法输入数据。然后,点击Erichment analysis,选择所需要分析的类型:比如GO分析中的分子功能、生物过程、生物通路,组织表达,蛋白功能域等等。

结果输出根据p值富集显示,但一般结果默认输出排列前六位。此时在软件右侧,可以通过勾选百分比更高的相关通路进行展示,也可以直接在输出前更改。

可以通过修改compare、fold、compare quantity、fold quantity等进行结果的展示。

也可以通过chart type,选择饼图、柱状图等等展示结果。点击save chart,同样可以对结果进行保存。

更方便的是,这些分析结果也能导出Excel,看下图是不是非常详细!

除了这些分析,FunRich还能做相互作用分析,在侧边栏我们可以看到这些基因主要通路,右键还可以看某一通路的基因和位置。

另外还能看这个基因序列中的基因在组织中的表达情况。

如果你要分析miRNA的功能富集分析,首先点击miRNA enrichment,输入数据(同上)。然后点击miRNA Enrichment,选择你需要的分析类型:Cellular component、Biological procrss、Molecular function等等。

结果输出默认前六位,在右侧可以自行调整。

点击Chart Type选择需要的图形。如饼图、条形图、柱状图等。

点击Find target,寻找miRNA的靶基因,点击Export to file导出Excel数据。

所有miRNA的靶基因:

和每个miRNA的相关靶基因:

点击Find miRNA,把基因放进去。寻找哪些基因能靶向miRNA。

所有预测到的miRNA:

和每个基因相关的 miRNA:

关于Vesiclepedia功能,点击Load data ,选择要分析的如Protein,点击Load。

选择需要的数据,点击Export list。

导出表格后你会发现,它能给你样本里能检测到的蛋白,帮助我们搜索Vesiclepedia 数据库里的数据。

是不是非常方便~ 而且这个数据库还能实时更新呢!

ID conversion 转换功能可以说是非常nice了,选择你要转换的数据直接转换即可。

选New Set:

或GeneSymbol:

好了,今天小编就介绍到这里。关于其它的功能你们可以自行研究。在公众号回复“Funrich”,即可获取软件压缩包下载地址。

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