【糖尿肾】生信分析文章的套路是如此简单

最近小编在检索文献时发现了在本月初发表在《Chemical Research in Toxicology(IF 3.274)的文章,关于高糖诱导的糖尿病肾病细胞模型中的DNA甲基化和转录组改变,以及鉴定丹参酮IIA治疗的新的靶基因。
我们一起走进这篇文章感受作者的总体思路

糖尿病肾病(DN)是一种糖尿病并发症,由于肾素血管紧张素过度激活、促炎因子过多,活性氧过度产生以及潜在的表观遗传变化。 丹参酮IIATIIA)是一种二萜醌植物化学物质,通过抑制高糖(HG)引起的ROS,它具有强大的抗氧化、抗炎的作用,对表观遗传基因和多种疾病(包括糖尿病肾病)具有保护作用。 然而,目前国内外科研人员对糖尿病肾病的基因组和转录组以及丹参酮IIA的保护作用研究甚少。

作者通过绘制热图分析了差异表达基因。HG=高糖组,LG=低糖组。

作者在HG  LG以及丹参酮IIA组与 HG中分析了彼此间RNA表达量和甲基化水平变化的关系,被注释的基因至少有一个甲基化水平与RNA表达变化呈负相关的CpG cluster

作者对Fgl2GuloKcnipNmu基因的DNA甲基化做深入探究。茎长代表着甲基化比值,0以上是甲基化增加,0以下是甲基化减少,圆圈面积代表每个簇的CpG数量,不同颜色的圆圈代表不同甲基化区域。

这两幅图显示的是差异基因参与到的不同通路。

得出以下结论:让我们更能了解表观遗传修饰如何影响糖尿肾病的发生发展,以及了解到丹参酮IIA对糖尿肾病如何具有保护作用。

通过对此文的解读我们可以理出生信分析文章的大致思路

  1. 体外培养小鼠肾系膜细胞(低糖组、高糖组、丹参酮IIA组)、ROS检测。
  2. RNA提取、构建cDNARNA-seqmethyl-seq。
  3. FastQC软件检查序列信息
  4. 24421个基因做图分析差异表达基因。

因此生信分析对科研人员来说有一定难度但是一旦你掌握了这项技能那无疑是发文章最省时省力的方式了小编特别建议经费少的科研人员不妨花时间学习生信分析

一句话,这篇文章作者是在培养细胞里提取总RNA,反转录cDNA然后测序分析筛选差异表达基因

Posted in 公司新闻, 实用工具, 技术文章, 新闻资讯, 行业动态.

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注