String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库

String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。

研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下:

https://string-db.org/

打开搜索界面简洁明了,有多种方式进行检索:

好了下面我们来举个栗子,点击#1进行检索,图中每个节点表示一个蛋白,默认情况下节点的颜色分成红色和白色,红色代表是你的查询蛋白,白色代表与查询蛋白具有相互作用关系的其他蛋白。由于白色不太好看,string会根据与相互作用的score值对颜色进行映射。

在Legend页面,可以看到每个蛋白的颜色和对应的score值,示意图如下:

点击圆圈节点就可以显示该蛋白的具体信息,如下图:

圆圈节点之间的直线代表该直线链接的两个蛋白之间的相互作用关系,如图:

不同颜色对应不同的相互作用类型,当然你也可以在Settings进行设置,只展示需要的相互作用类型,如图:

在Analysis页面,对于蛋白质相互作用网络中的基因,提供了GO和KEGG富集分析的结果,如图:

在Exports页面,可以导出相互作用网络的图片,支持PNG, SVG格式,也可以导出对应的相互作用表格和蛋白序列,注释等信息,如图:

如果有多个感兴趣的目标蛋白,想查看它们之间的相互作用关系,则可在搜索界面选择多个蛋白质检索,把目标蛋白的名称输入搜索框,点击搜索。

需要注意的是,如果我们输入的是单个蛋白质名称,数据库将会输出与该蛋白质互作的所有蛋白质的互作图;但如果我们一次输入多个蛋白质名称或者序列,数据库将只输出输入蛋白质之间的互作网络图。

好了今天就介绍到这里,更多细节大家可以上官网研究。

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