miRNA(microRNA)靶标预测软件汇总

miRNA(microRNA)靶标预测软件汇总

miRNA(microRNA)虽只有17-27 个核苷酸,却通过调控大量的靶基因,在基因表达中扮演了重要角色。研究发现,数以千计的人类蛋白编码基因受到 miRNA 的调控,而每个哺乳动物miRNA可能调控了约200个靶基因。到目前为止,仍有许多miRNA的功能并不清楚,原因在于已经确定的miRNA靶基因数量很少,而靶基因的预测和鉴定的难度又颇大。于是,科学家们也在利用各种生物信息学方法和实验方法来寻找miRNA的靶基因。

用多数据库去找交集,在一定程度上可以提高准确率,下面分享一些关于miRNA靶标预测软件

PITA:
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/index.html
位于以色列Weizmann科学研究所,可以作为独立版本或网络服务器运行。它是首先考虑miRNA靶标杂交体二级结构的应用之一

Diana Micro-T:
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT/
用于在硅片中预测miRNA靶标的优秀服务器,具有友好的用户界面。用户可以使用miRNA或假定的靶标基因序列作为输入来预测靶标。

MirPath:
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/pathways/
数据挖掘服务器,用于分析由miRNA子集控制的途径。它是第一个将生物化学数据与miRNA调控相结合的服务器,对这两个因素的分析一起构成了关于miRNA在生物过程中的意义的巨大信息来源。非常漂亮的界面,易于交互。

Microinspector:
http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/
用于分析miRNA潜在靶位点的服务器。用户可以输入感兴趣基因的3′-UTR序列,服务器将使用最新的MiRbase版本显示潜在的miRNA结合位点。靶标绑定的几个参数可以由用户自定义。

MaMi:
http://mami.med.harvard.edu/
用于分析miRNA和靶序列之间杂交能量和结构的经典服务器。化学参数可以由用户修改。

miRecords:
http://mirecords.umn.edu/miRecords/index.php
在硅片上进行靶标分析的综合资源。它将来自其他应用程序和服务器的结果与靶标预测和验证的书目信息结合在一起。

mirDIP:
http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/
整合来自6个microRNA预测数据库的12个microRNA预测数据集,允许用户定制他们的microRNA靶标搜索。结合microRNA预测功能,用户可以获得更强大的靶标预测结果,从而让您对microRNA靶标更有信心。

miRGator:
http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html
是一种用于功能性解读miRNA的网络工具,整合了功能分析,表达谱和靶标预测来推断miRNA的生理作用。

Magia:
http://gencomp.bio.unipd.it/magia/start/
整合基因分析工具,用于miRNA,靶标和基因表达的交叉测定。服务器允许通过采用用于表达谱组合的配置文件相关性和算法的不同统计测量来分析miRNA和基因表达谱。

Targetscan:
http://www.targetscan.org/
miRNA靶标预测的经典软件。服务器允许执行miRNA或靶基因的搜索。

miRTar:
http://mirtar.mbc.nctu.edu.tw/human/
MicroRNA Target prediction(miRTar)是一种让研究者能够轻松识别一组已知/假定的miRNA与蛋白质编码基因之间的生物功能调节关系的工具。它还提供了关于选择性剪接转录本上的miRNA靶标信息的观点。

miRTrail:
http://mirtrail.bioinf.uni-sb.de/mirtrail.php
可让您轻松分析一组miRNA和一组mRNA之间的潜在关系。这可以评估miRNA对特定疾病的可能重要影响。

 

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