科研干货丨外泌体数据库你知道多少?

近年来,外泌体有多火就不用小编多说了吧。在肿瘤等疾病的基础研究、转化应用和诊断治疗中展现出巨大潜力,那研究热度真的是蹭蹭往上涨。当然在国自然项目中,外泌体的中标项目及资助金额也是飙升,成为国自然数一数二的热点之一。

也许你在担心自己的课题不适合做外泌体,莫慌!实际上外泌体是一个非常特殊的对象,它并不是终极的一个分子或蛋白,它是一个单位,而这一单位是细胞与细胞之间沟通方式的最主要形式,因此你可以想象,几乎所有生物医药研究领域,你都可以全新的,从外泌体的角度进行挖掘!

今天就给大家介绍几个外泌体研究中常用的数据库!

EVpedia-外体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

http://www.evpedia.info/

EVpedia是由韩国项浦大学创建的一个完整而全面的蛋白质组、转录组和脂肪体数据库,其来源于古菌、细菌和真核生物,包括人类。

还提供一款分析工具,可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析,同时,胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。因此,EVpedia可以作为一种有用的社区资源来触发对EVS的系统和全面的研究,并揭示EVS的基本角色。

ExoCarta外体蛋白质、RNA和脂质数据库

www.excarta.org/

ExoCarta的一个典型特点就是具有外泌体蛋白动态的蛋白与蛋白之间相互关系网以生物学通路。用户可以从大量的研究中下载最常用的蛋白数据。下载的文件可用于进一步直接导入到FunRich工具,以便进行其他的功能富集和相互关系网分析。

Vesiclepedia –外体蛋白质、RNA和脂质数据库

http://www.microvesicles.org/

Vesiclepedia,一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索工具库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索。

而且数据库是公开的,允许用户根据不同的搜索标准查询和下载EV cargo、 EV分离和表征模式,生物物理和分子特性以及EV-METRIC列于数据库中,帮助生物医学科学家评估EV制剂的质量和获得的相应数据。此外,基于FunRich的Vesiclepedia插件可以帮助用户进行数据分析。

EMBL-EBI

http://www.ebi.ac.uk/GOA/exosome

欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)拥有世界上最全面的免费和最新的分子数据资源.

外基-外体圆环RNA数据库、INcRNA和mRNA

http://www.exorbase.org/

外RBase是一个循环RNA(CircRNA)、长非编码RNA(INcRNA)和信使RNA(MRNA)的储存库,这些RNA和mRNA是从人血外体的rna-seq数据分析中提取出来的。还包括已发表文献的实验验证。

系外RBase的特点是整合和可视化RNA表达剖面的基础上,归一化的RNA-seq数据跨越正常人和病人的不同疾病。

尿Exosome蛋白数据库

https:/hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/

这个尿外体蛋白数据库是基于发表的蛋白质质谱数据。NHLBI上皮系统生物学实验室(ESBL)。所有的数据都是从健康的人类志愿者体内分离出来的。这个数据库包含了用两种不同的质谱仪来鉴定人类尿外体的蛋白质。

exRNA图谱-外显子RNA数据库

http://exrna-atlas.org/

ExRNA图谱是细胞外RNA通讯联盟(ERCC)的数据仓库,包括来自人和小鼠生物液的小RNA测序和RT-qPCR衍生的exRNA图谱。所有rna-seq数据集都使用第4版的摘录小型rna-seq管道并将ERCC制定的质量指标统一应用于这些数据集。

好了,今天的外泌体数据库就介绍到这里。一个好的数据库在前期可以帮助确定要深入研究的基因,从而使后期的功能和机制研究更顺利。但是想熟练运用这些数据库,还是要花点时间的!赶紧行动起来吧~

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